Набор реагентов ПОЛИВИР SARS-CoV-2 (РУ № РЗН 2020/9904 от 27.03.2020) выпускается в двух вариантах исполнения – BASE и EXPRESS:
– Вариант исполнения BASE содержит реагенты, предназначенные для проведения ПЦР-анализа. Полный цикл исследования образца с сорбентным выделением занимает 3 часа.
– Вариант исполнения EXPRESS дополнен комплектом реагентов, предназначенным для экспресс-выделения РНК из клинического материала. Он позволяет сократить весь цикл исследования образца, включая пробоподготовку и ПЦР-анализ, до 2 часов.

Экспресс-выделение РНК занимает всего 15 минут и отличается простотой и удобством процедуры экстракции РНК из мазков из носа, носоглотки и/или ротоглотки. Требует минимальное количество расходных материалов и безопасен для персонала лабораторий за счет минимального контакта с инфекционным агентом.

В наборе предусмотрен контроль мутаций коронавируса SARS-CoV-2 для снижения риска ложноотрицательных результатов: так, наряду с анализом целевой мишени – гена РНК-зависимой РНК-полимеразы (ген RdRp), дополнительно осуществляется анализ и высококонсервативного участка генома, мало подверженного мутационным изменениям (ген E).

Анализ новых данных по геномным последовательностям мутантных штаммов SARS-CoV-2 (британского (VOC 202012/01 (B.1.1.7)), южноафриканского (501 Y.V2 (B.1.351)) и японского (P.1)) показал, что анализируемые нашим набором области целевого гена RdRp не имеют мутаций, влияющих на специфичность теста и обладает высокой специфичностью для надежного выявления вирусной РНК различных штаммов SARS-CoV-2.

Набор реагентов SARS-CoV-2 IgG (РУ № РЗН 2020/10226 от 30.04.2020) основан на связывании антител (IgG человека), присутствующих в тестируемом образце, с рекомбинантным антигеном SARS-CoV-2, сорбированным на поверхности лунок планшета, с последующей детекцией связанных антител посредством вторичных антител, конъюгированных с пероксидазой хрена, и хромогена ТМБ. В качестве рекомбинантного антигена используется субъединица S2 гликопротеина S.

Набор обладает высокой чувствительностью и специфичностью, 97,5 и 97,9%, соответственно, прост и удобен в использовании как для ручных методик, так и для автоматических станций.

Может использоваться для:
- Оценки иммунного статуса населения к SARS-CoV-2
- Установления факта перенесенной инфекции
- Тестирования медицинских работников
- Тестирования антиковидной плазмы доноров.

На базе времяпролетного масс-спектрометра LaserToF LT2 Plus (масс-спектрометр производства компании Scientific Analysis Instruments, Великобритания) НПФ «Литех» создана первая отечественная система масс-спектрометрической идентификации микроорганизмов и изучения их чувствительности к антибиотикам - микробиологический анализатор BactoSCREEN.

В основе системы идентификации используется алгоритм, позволяющий быстро и точно производить идентификацию микроорганизмов по их белковому спектру. Идентификация в BactoSCREEN происходит по рибосомальным белкам, которые являются уникальными для любых микроорганизмов. Биоинформационное программное обеспечение позволяет надёжно и точно проводить видовую идентификацию микроорганизмов путём сопоставления получаемых масс-спектров бактерий с базой данных BactoSCREEN, которая содержит сведения о более, чем 2300 видах микроорганизмов всех типов: бактерий, микобактерий, мицелиальных и дрожжевых грибов.

Кроме того, в системе BactoSCREEN используется дополнительный механизм подтверждения идентификации по белковым масс-спектрам с использованием данных геномных последовательностей, имеющихся в таких мировых публичных репозитариях, как GenBank, PATRIC. При этом масс-спектры, полученные в ходе работы на приборе, сравниваются уже не со спектрами из базы данных BactoSCREEN, а с белковыми спектрами, которые по специальному алгоритму реконструируются на основе имеющейся в репозитории геномной последовательности идентифицированного микроорганизма.

ПО BactoSCREEN позволяет производить кластерный и корреляционный анализ, что дает возможность проводить субтипирование микроорганизмов. В ПО BactoSCREEN имеются специальные разделы для выполнения исследований чувствительности к антибиотикам по гибели бактериальных клеток. Кроме того, существует и возможность по выявлению резистентных штаммов на базе технологии обнаружения специфических продуктов биодеградации антибиотиков (выявление бета-лактамазной и карбопенемазной активности).

В системе BactoSCREEN высокое качество результатов сочетается с простотой в эксплуатации и обслуживании:

• Несложная пробоподготовка: менее 1 минуты на образец. Анализируемый материал: колонии микроорганизмов, содержимое флаконов для гемокультуры, моча, кал.
• Аппаратная часть системы реализована в виде компактного настольного прибора. Отсутствуют сложные настройки и калибровки.
• После помещения многоразовой стальной плашки с образцами в прибор первые результаты идентификации микроорганизмов начинают поступать через 1-2 минуты. Высокая точность и воспроизводимость результатов, характерные для масс-спектрометрии.
• Результаты определения чувствительности к антибиотикам по гибели бактериальных клеток готовы примерно через 3 часа после засева с использованием специального набора реагентов.

ОПИСАНИЕ

Настольные микробиологические анализаторы BactoSCREEN представляют собой автоматизированные многоцелевые измерительные системы, состоящие из:
• лазера,
• ионного источника,
• вакуумной камеры,
• анализатора масс
• управляющего компьютера.

Ионизация производится лазерным излучением, взаимодействующим с пробами, на которые предварительно наносится матрица (метод MALDI). Возможность программируемого сканирования проб обеспечивает высокую производительность анализов (до 96 за одну загрузку системы). Детектирование ионов осуществляется в вертикально расположенном времяпролетном анализаторе в линейном режиме.

Микробиологический анализатор BIOMIC V3, предназначен для определения зон задержки роста микроорганизмов к антимикробным препаратам, подсчета колоний на чашках Петри, считывания результатов на хромогенных агарах, считывания результатов идентификационных панелей и плашек для микротитрования.

1. Модуль DD-MOD: Анализ тестов на чувствительность микроорганизмов к антибиотикам диско-диффузионным методом. Считывание дисков с антибиотиком любых производителей;
Автоматическое измерение диаметра зон ингибирования с возможностью ручной корректировки и анализом изображения антибиотикограммы;
Экспертная интерпретация результатов в соответствии с правилами EUCAST, CLSI, BSAC.;
Чашки 90/150 мм;
Функции "Усиление роста" и "Увеличение контраста";
Программное обеспечение на русском языке Совместимость с ЛИС.

2. Модуль MIC – MOD: Анализ тестов на чувствительность микроорганизмов к антибиотикам c использованием Е-тестов.
Автоматическое считывание Е-тестов;
Автоматическое измерение диаметра зон ингибирования с возможностью ручной корректировки;
Автоматическое вычисление минимальной ингибирующей концентрации.

3. Модуль ID-MOD – идентификация микроорганизмов в панелях

Считывание панелей различных фирм-производителей: API® RapID Crystal, Liofilchem ID Systems;
Задействованные в программе алгоритмы идентификации микроорганизмов не требуют больших затрат и времени на предварительную подготовку к тестированию, обеспечивая при этом быстрое выполнение и точность;
Экспертная оценка результатов;
Возможность корректировки результатов по усмотрению оператора;
Контроль за ходом анализа (для анализов, проходящих с поэтапным добавлением реагентов);
Сохранение цветных изображений панелей.

4. Модуль CC-MOD: Подсчет колоний, считывание и интерпретация результатов на хромогенных агарах.
Быстрый подсчет колоний с любых агаров, в том числе хромогенных, мембранных фильтров, спиральных чашек и PetrifilmTM
Подсчёт колонии сложно культивируемых микроорганизмов (Hemophilus и Neisseria);
Подсчет колоний в выделенном секторе;
Дифференциация колоний по цвету и размеру с 10 уровнями дифференциации;
Возможность различать соприкасающиеся колонии;
Система анализа изображений отличает колонии от артефактов;
Формат вывода данных – КОЕ/мл;
Система мультипараметрического поиска и подготовки эпидемиологических отчетов.

С повышенным риском возникновения тромбозов ассоциированы мутации в генах факторов свертывания крови, ферментов, участвующих в фолатном обмене, фибринолитических белков и тромбоцитарных рецепторов.

- Полиморфизм G1691А Leiden (Агg506Gln) коагуляционного фактора F5 является показателем риска развития венозных тромбозов. Мутантный вариант F5 накапливается в крови и приводит к гиперкоагуляции. Распространенность в Европе 3-8%.

- Полиморфизм гена протромбина (F2) G20210А приводит к увеличению экспрессии гена, при этом уровень протромбина повышается в полтора-два раза, соответственно, увеличивается риск тромбообразования. Гетерозиготное носительство в Европе 2,5-3%.

- Метилентетрагидрофолатредуктаза (MTHFR) играет ключевую роль в метаболизме фолиевой кислоты. У лиц, гомозиготных по мутации С677Т MTHFR, отмечается термолабильность MTHFR и снижение активности фермента примерно до 35% от среднего значения. Притом в крови накапливается гомоцистеин, который приводит к повреждению сосудов. Дефицит MTHFR способствует мутагенному (повреждающему ДНК) и тератогенному (повреждающему плод) действию. Распространенность мутации у европейцев 10-16%.

- Полиморфизмы генов тромбоцитарного звена гемостаза (рецепторов тромбоцитов GPIIIa, GP1a, GP1BA, P2PY12) связаны с риском развития артериальных тромбозов.

- Полиморфизм РАI1 (675 5G/4G) - ингибитора активатора плазминогена 1-го типа — связан с нарушением процесса фибринолиза.

Риск тромбообразования значительно возрастает при сочетании полиморфизмов этих генов и курении, приеме оральных контрацептивов, беременности, гормонзаместительной терапии, нарушении целостности сосудов при хирургических вмешательствах, а также при обездвиженности.

Вклад генетических факторов в вариабельность реакции на лекарственные препараты составляет от 20 до 95%.

Варфарин — антикоагулянт непрямого, действия, применяемый для лечения тромбозов, тромбоэмболий, снижения риска инфаркта. Главным ферментом биотрансформации антикоагулянтов непрямого действия является изоформа цитохрома Р450 СУР2С9*1. Для данного белка известны альтернативные варианты СУР2С9*2 (замена Аrg144Суs) и СУР2С9*3 (Ile359Lеu), характеризующиеся значительным снижением активности.

Чтобы избежать нежелательных побочных эффектов при лечении носителей аллелей *2 и *З гена СУР2С9, целесообразно снижать дозу варфарина. Другим важным генетическим фактором, обуславливающим изменение индивидуального ответа пациента на терапию антикоагулянтами непрямого действия, являются генетические полиморфизмы 1-й субъединицы эпоксидредуктазы витамина К- VKORC1 (C1173T, G3730A) – молекулы-мишени этих антикоагулянтов.

Клопидогрел блокирует АДФ-рецепторы тромбоцитов (P2RY12), препятствуя агрегации тромбоцитов. Показан пациентам при повышенном риске артериальных тромбозов совместно с аспирином (инфаркт миокарда, стентирование, нечувствительность к аспирину при предупреждении инсульта). Метаболизируется ферментом СУР2С19.

Аллель СУР2С19*1 обусловливает полностью функционирующий метаболизм клопидогреля.

Аллели СУР2С19*2 (G681A) и СУР2С19*3 (G636A, Trp212Ter) не обеспечивают эффективного метаболизма клопидогрела.

При назначении клопидогрела необходимо учитывать наличие у пациентов аллельных вариантов гена СУР2С19).